トレースモードを使い物理オンオフ
①破綻しすぎる所のモーションを修正する ②トレースモードを使い物理演算の破綻するところだけ修正するor物理焼き込みを使う
という手順を踏みます。またカメラをいじって映さないという方法も有効です。
①まず流し込んだモーションがキャラクターの体格に合ってなかった場合破綻が起きやすくなります。以下の方法でモーションを修正します。
それでも治らない場合…例えばしゃがみや蹴り、ターンに弱いです。そういうときはモーションの勢いが落ちても良いのでモーション自体を直接いじってください。一番破綻しやすい蹴りだったら足を少し下げてみるとか…。
②どうしても治らないところはトレースモードを使って修正します。トレースモードで物理を登録し、再生する時は物理オンオフモードで再生します。詳しいやり方は下記リンクをどうぞ。

モーション修正-04 物理をオンオフできるようになろう:破綻をどうにか撲滅し隊
モーション修正-04 物理をオンオフできるようになろう

モーション修正-05 トレースモードって案外すごい:破綻をどうにか撲滅し隊
モーション修正-05 トレースモードって案外すごい
物理焼き込み
PCスペックのある人向け。
紹介しておいてなんですが、私は上記の方法を使っていません。
物理焼きこみを使います。
この方法の利点は出力ガチャしなくて済むところにあります。
MMMで焼き込む方法
以前使っていた方法です。
①モーションを修正する
②物理を焼き込む(MMMの機能です)
③破綻箇所を手動で治す(スカートならスカートのボーンを直接いじります)
④プラグインを使ってキーをなめらかにします
NexGimaを使う方法
NexGiMa
推奨コンテンツツリー登録先(ニコニコモンズ)
今はこちらを使うことが多いです。
NexGimaを使った物理焼き込みの利点は、120fps、300fpsといった高fpsで焼き込めるため、物理が荒ぶりにくくなるところにあります。
物理演算のfpsの変更はツール>オプションの物理演算でプリセットを選択して設定できます。
焼き込みは、ツール>キー焼き込みでウィンドウを開き、物理焼き込みにチェックを入れて実行すると焼き込めます。